Οι πόροι του ΕΚΟΕΜΝ προέρχονται:

α. Από εισφορές όλου του εν ενεργεία στρατιωτικού προσωπικού του ΠΝ και ΛΣ, οι οποίες ανέρχονται σε ποσοστό 0,85% επί του Βασικού Μισθού.

β. Από κρατήσεις ποσοστού 5% επί των οδοιπορικών εξόδων εκτέλεσης υπηρεσίας και μετάθεσης εξωτερικού-εσωτερικού και τις πάσης φύσεως αποζημιώσεις εξωτερικού των στρατιωτικών του ΠΝ και του ΛΣ.

γ. Από εισφορές 5% από το μηνιαίο μέρισμα των μερισματούχων καθώς και 3% επί του μερίσματος, για κάθε χρόνο αναγνώρισης στο ΕΚΟΕΜΝ.

δ. Από δωρεές, κληρονομιές και κληροδοτήματα, καθώς και κάθε άλλη, από χαριστική πράξη/ παροχή, που γίνεται με σκοπό την ενίσχυση του ΕΚΟΕΜΝ.

ε. Εισφορές από δραστηριότητες εκτός των προϋπολογισμών ΥΠΕΘΑ/ΓΕΝ, όπως κέρδη εκμεταλλεύσεων, διαχειρίσεων, μισθώματα στρατιωτικών οικημάτων, κέρδη ΠΟΝ, θέρετρων, κ.λ.π. 

στ. Εισφορές από πράξεις που διενεργούνται από το Λ.Σ για λογαριασμό και εξυπηρέτηση τρίτων όπως καθορίζονται με κατά περίπτωση Υπουργικές Αποφάσεις.

ζ.  Έσοδα κινητής περιουσίας (τόκοι τραπεζικών λογαριασμών, πρόσοδοι από την συμμετοχή στο Κοινό Κεφάλαιο της ΤτΕ, κτλ).